El Yaguareté es un predador solitario y territorial, que puede estar activo tanto de día como de noche. Es un gran caminador y un excelente nadador, pudiendo cruzar ríos caudalosos y hasta cazar peces y lagartos.
Es el único felino que al cazar muerde a sus presas en el cráneo, usando su gran cabeza y sus robustos caninos.
El Yaguareté es el máximo predador de América, y se alimenta de casi todas las especies que conviven en su hábitat: tapires, carpinchos, pecaríes, corzuelas, armadillos, pacas, acutíes, monos, yacarés, serpientes, tortugas, aves y hasta ocasionalmente algún fruto.
El territorio de cada individuo puede variar según la disponibilidad de presas, llegando a ocupar 300 kilómetros cuadrados. Los machos tienen territorios mayores que las hembras, y es común que territorios de machos y hembras se superpongan.
La época reproductiva puede darse durante todo el año, prefiriendo las estaciones cálidas. El período de gestación es de 90 a 110 días, tras los cuales dan a luz una camada de 1 a 3 cachorros. La madurez sexual es entre los 2 y 3 años en las hembras y entre los 3 y 4 años en los machos.
El Yaguareté es el único felino de América, y uno de los cuatro en el mundo, capaz de rugir.